Pur essendo attraversato dall'equatore, il Kenya non ha il tipico clima di questa latitudine: modificato dall'influenza dell’Oceano Indiano e dai rilievi, sulle coste è tropicale caldo-umido, mentre all'interno nella Rift Valley è estremamente arido. Per esempio Kisumo, vicina all’equatore e sul lago Vittoria, non ha un clima equatoriale: la media mensile varia da 22° nei mesi freddi a 24° in quelli caldi, ma conserva una forte umidità, elemento tipico del clima equatoriale e difficile da sopportare per gli europei.
Le precipitazioni sono comunque concentrate in due periodi dell'anno: le grandi piogge da marzo a maggio, si ripetono intense e brevi da ottobre a dicembre. Nelle regioni centrali ed orientali la piovosità è influenzata dai venti monsoni e alisei che provengono dall’Oceano Indiano, aumenta sulle montagne più alte a oriente dove le piogge superano il metro e mezzo all’anno: l’Elgon, il Meru, il Kenya e il Kilimangiaro. Alcuni altipiani hanno un clima quasi ideale grazie all’altitudine che abbassa la temperatura: l’aria è più secca, con naturali escursioni termiche giornaliere e una media annua di 14° / 19°.
Ogni anno la siccità colpisce pesantemente le zone settentrionali e orientali, con conseguenze drammatiche per il bestiame e per la popolazione. Durante le stagioni delle piogge, gli allagamenti provocano ulteriori danni, rendendo difficile la sopravvivenza, aggravata dalla degradazione della qualità dell'acqua generata dall'uso di insetticidi e fertilizzanti, dall'inquinamento da scarichi urbani e industriali, dal disboscamento che estende la desertificazione. Inoltre il Kenya non è autosufficiente sul piano alimentare, dominato da multinazionali e singoli proprietari che producono (grano, fiori e vegetali vari) per l’esportazione nei mercati europei, con guadagni enormi.